Rond 1950 bestond Harderwijk uit het oude centrum en (een deel van) de Zeebuurt. Daarnaast was er nog een aantal woningen in de buurt van de kazernes Kranenburg en Jan van Nassau. In die tijd begon Harderwijk een nieuwe wijk te bouwen ‘over het spoor’: in volgorde: Tinnegieter, Veldkamp, Wittenhagen. Voor het eerst kwam er naast de Grote Kerk een andere plek voor kerkdiensten: het wijkgebouw aan de Pontanuslaan. Plannen voor een nieuwe kerk kwamen al snel en uiteindelijk werd in 1960 de nieuwe Bethelkerk aan de Wittenhagen in gebruik genomen. Het gebouw bestond uit een grote kerkzaal met daaraan gekoppeld een viertal lokalen voor een kleuterschool, die deels bij de kerk konden worden getrokken. Doordeweekse activiteiten bleven aan de Pontanuslaan plaatsvinden. In 1963 kwam er een orgel van Fonteijn en Gaal in de Bethelkerk.

In 1981 vond een grote brand plaats die de Bethelkerk en de aangebouwde lokalen volledig in de as legde. Vrij snel waren er er plannen voor een totaal nieuw gebouw met nevenruimtes en een kelder voor de jeugd. In 1983 werd de nieuwe kerk in gebruik genomen. Het gebouw aan de Pontanuslaan werd afgestoten en alle activiteiten van de wijkgemeente vonden in de nieuwe Bethelkerk plaats. In de oude Bethelkerk zat een gebrandschilderd raam over de geschiedenis van Jacob in Bethel. In de nieuwe kerk kwamen twee ramen met links de voorstelling van de ladder van Jacob in Bethel en rechts de lichtstralen uit de hemel tijdens de doop van Jezus. De Bethelkerk: twee maal een geopende hemel- bij Jacob in Bethel – en bij de Jordaan toen Jezus gedoopt werd.

In 1985 werd de kerk voltooid met een nieuw orgel van de fa. Blank uit Herwijnen.